5000 évvel ezelőtt Anubis-t, az egyiptomi Istenséget elzárták, mert az emberiség pusztulását akarta előidézni a Fény Piramisának segítségével.
Napjainkban, amikor Yugi világbajnok, és birtokolja a 3 Egyiptomi Istenkártyát, Anubis ismét öntudatra ébred, hogy bevégezze tervét.
Ehhez nem mást, mint Seto Kaiba-t használja fel, aki belebetegedett Yugi által elszenvedett vereségébe és Obilisk elvesztésébe.
Számtalan stratégiája mind kudarcba fullad, mert amint Yugi előhívja a három emberfeletti lapot, senkinek nincs esélye ellene. Seto ezért meglátogatja Pegasust, akinek kell, hogy legyen egy olyan lapja, ami felülmúlja az Istenek erejét. Miután Seto sikeresen legyőzi a Játékok Királyát (Pegasus), két olyan lap is a birtokába kerül, amely ellen az Istenségeknek esélye sincs, ám a „Fény piramisa” nevű varázskártya nem a Pegasusé volt.
Végre megvan a kívánt lap, így Seto ismét kihívja Yugit. A duell kezdetét veszi, aminek ezúttal nem csak a világbajnoki cím a tétje, hanem az emberiség megmentése is…
A sötét erők ismét munkálkodnak veszélybe sodorva ezzel Yugi szeretteit is…
A movie megtartja a megszokott Yugioh-s környezetet. Izgalmas duellnek lehetünk szemtanúi, bár Seto mániája kicsit soknak bizonyul.
Bárki megnézheti, aki már látott pár részt a sorozatból, de akkor érdemes igazán, ha már túl vagyunk a Battle City Turnier-en.